АНО «Центр инженерной биологии»
Формализуем состояние живой системы, строим вычислительные модели, получаем количественные предсказания, проверяем их экспериментально и используем ошибку эксперимента для следующей итерации модели.
Инженерная биология
Биология отвечает на вопрос, почему система оказалась в состоянии X. Инженерный вопрос другой. Какое воздействие переведёт систему из состояния X в заданное X* и что произойдёт после вмешательства.
Мы не создаём новую науку и не доказываем превосходство подхода. Проект показывает, что инженерный слой нужен в дополнение к описательной биологии. Модель обязана выдать количественное предсказание до эксперимента, а расхождение между расчётом и измерением служит мерой качества модели. Отрицательный результат сохраняется и уточняет модель.
Исследования
Активные исследования отделены от того, что только предполагается. Работа идёт по одному направлению.
Первая задача и первый демонстратор метода. Полный цикл от транскриптомных данных до пилота на C. elegans, с проверкой предсказания экспериментом.
Пилот. Нужна репликация
Последний результат
Вычислительный анализ, выполненный без знания результатов эксперимента, независимо указал на те же молекулы, которые были найдены в лаборатории. Предсказанное продление жизни согласуется с наблюдаемым в исследованных условиях, а однократное введение дало эффект, сопоставимый с многократным.
Метод
Семь шагов, которые повторяются, пока расхождение между расчётом и измерением не станет приемлемым для конкретной задачи.
Прогресс измеряется уменьшением ошибки между предсказанием и измерением, а не количеством публикаций или убедительностью объяснения.
Цели организации
Инженерная биология опирается на сложившиеся области и не противопоставляет себя им.
Команда
Сооснователь. Инженерные модели и вычисления
Магистратура МФТИ по прикладному анализу данных в медицине. Опыт в VHDL, реверс-инжиниринге, распределённых системах и прикладном машинном обучении. Отвечает за инженерные модели, математическое моделирование и вычислительный стенд.
Руководитель направления системной биологии старения
Омиксные данные, биомаркеры и поиск геропротекторов. Отвечает за биологическую интерпретацию моделей и связь вычислительных результатов с данными, включая ограничения измерений и корректность эксперимента.
Научный руководитель экспериментальной программы
PhD, старший исследователь Case Western Reserve University, Division of Hematology and Oncology, Кливленд. С 1990 года в доклинической разработке лекарств, от идентификации мишени до кандидата в терапию. Разрабатывает тесты для поиска анти-возрастных и противоопухолевых соединений и переводит гипотезы проекта в клеточный эксперимент.
Топ-эксперт Центра компетенций ИИ АНО «Цифровые платформы».
Внедрение ИИ-агентов в бигтех компании.
Биоинформатик, организатор сообщества «Математика старения» (computage.org, Telegram).
О центре
Центр инженерной биологии. Проект развивает инженерный подход к живым системам и публикует записи экспериментов по мере их выполнения.
Инженерная биология здесь не заменяет синтетическую и вычислительную биологию, а добавляет к ним требование полного цикла. Тексты проекта публикуются на Хабре.